河南新乡市三类医疗器械经营许可证应当向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门申请‌。具体申请流程如下‌12：

首先，申请者需要准备符合《医疗器械监督管理条例》第四十条规定条件的有关资料。这些资料应包括与经营规模和经营范围相适应的经营场所和贮存条件的证明，以及与经营的医疗器械相适应的质量管理制度和质量管理机构或者人员的证明‌12。

然后，将准备好的申请资料提交至所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门，即新乡市相应的药品监督管理部门‌12。

接下来，受理经营许可申请的负责药品监督管理的部门将对申请资料进行审查。这一过程中，部门可能会要求补充更多信息或进行现场核查，包括实地查看经营场所、贮存条件以及验证质量管理制度等，以确保申请者满足所有必要的条件‌23。

Zui后，经审查，对符合规定条件的申请，负责药品监督管理的部门将在自受理申请之日起的一定工作日内（通常为20个工作日）作出决定，准予许可并发给医疗器械经营许可证。若不符合规定条件，将不予许可，并书面说明理由。请注意，医疗器械经营许可证的有效期为5年，有效期届满需要延续的，应依照有关行政许可的法律规定办理延续手续‌